Για την ενίσχυση του εκπαιδευτικού του ρόλου το Βυζαντινό και Χριστιανικό Μουσείο αναπτύσσει συνεργασίες με πολιτιστικούς, εκπαιδευτικούς και άλλους φορείς της Ελλάδας και του εξωτερικού.

Συγκεκριμένα συνεργάζεται:

• Με τις κεντρικές και περιφερειακές υπηρεσίες των Υπουργείων Πολιτισμού και Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων.
• Με το Ελληνικό Τμήμα του Διεθνούς Συμβουλίου Μουσείων (ICOM) και την Επιτροπή Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων (CECA) του Συμβουλίου.
• Με ευρωπαϊκούς φορείς πολιτισμού στο πλαίσιο προγραμμάτων της Ευρωπαϊκής Ένωσης, όπως για παράδειγμα το πρόγραμμα συνεργασίας «ACCU: Access to Cultural Heritage: Policies of Presentation and Use» που μεταξύ άλλων περιλαμβάνει και εκπαιδευτικές δράσεις
• Με μουσεία, πολιτιστικά ιδρύματα καθώς και με φορείς που εξειδικεύονται στην αντιμετώπιση προβλημάτων διαφορετικών κοινωνικών κατηγοριών.
• Με πανεπιστημιακά και άλλα εκπαιδευτικά ιδρύματα.
• Με σχολεία που ενδιαφέρονται για το σχεδιασμό ειδικών εκπαιδευτικών δράσεων.