Σύμφωνα με το Προεδρικό Διάταγμα υπ' αριθμ. 4 που δημοσιεύτηκε στο Φύλλο Εφημερίδος της Κυβερνήσεως 7/22.1.2018) το Βυζαντινό και Χριστιανικό Μουσείο με έδρα την Αθήνα συγκροτείται από έξι (6) τμήματα:
- Τμήμα Συλλογής Εικόνων, Τοιχογραφιών, Ψηφιδωτών, Αντιγράφων, Χειρογράφων, Ανθιβόλων, Χαρακτικών, Σχεδίων, Παλαιτύπων και Συλλογής Λοβέρδου
- Τμήμα Συλλογής Γλυπτικής, Ξυλογλυπτικής, Κεραμικής, Μικροτεχνίας, Υφασμάτων και Μουσαμάδων
- Τμήμα Συντήρησης Αρχαιοτήτων και Έργων Τέχνης
- Τμήμα Εκθέσεων, Επικοινωνίας και Εκπαίδευσης
- Τμήμα Τεχνικής Υποστήριξης και Μουσειογραφίας
- Τμήμα Διοικητικής και Οικονομικής Υποστήριξης