• Εργαστήριο Συντήρησης Γλυπτών
• Εργαστήριο Συντήρησης Εικόνων & Ξυλόγλυπτων
• Εργαστήριο Συντήρησης Μικροτεχνίας & Κεραμικής
• Εργαστήριο Συντήρησης Πινάκων
• Εργαστήριο Συντήρησης Τοιχογραφιών
• Εργαστήριο Συντήρησης Υφάσματος
• Εργαστήριο Συντήρησης Χαρτιού
• Εργαστήριο Συντήρησης Ψηφιδωτού
• Δεοντολογία

Το εργαστήριο λειτουργεί από το 2000 και ασχολείται με τη συντήρηση των συλλογών μικροτεχνίας και κεραμικής.

Η Συλλογή Μικροτεχνίας περιλαμβάνει εκκλησιαστικά σκεύη, είδη φωτισμού, κοσμήματα, σφραγίδες, νομίσματα κ.ά., κατασκευασμένα από υλικά όπως μέταλλο, γυαλί, οστό, δέρμα, ξύλο, πολύτιμους και ημιπολύτιμους λίθους, που συχνά συνδυάζονται μεταξύ τους με διαφορετικές τεχνικές κατασκευής. Τα περισσότερα από τα αντικείμενα της συλλογής χρονολογούνται στη μεταβυζαντινή περίοδο και είναι αργυρά. Στη Συλλογή Κεραμικής εντάσσονται χρηστικά και διακοσμητικά αντικείμενα και αγγεία που χρησιμοποιήθηκαν ως συνοδευτικά σε τάφους (κτερίσματα) και χρονολογούνται από την παλαιοχριστιανική εποχή έως και τους μεταβυζαντινούς χρόνους.

Από το 2003 που μεταστεγάστηκε στους νέους χώρους της επέκτασης του Μουσείου, το εργαστήριο εμπλουτίζεται συνεχώς με νέο εξοπλισμό και με νέα τεχνικά μέσα, προκειμένου να διευκολυνθούν οι καθημερινές εργασίες εξέτασης και συντήρησης των αντικειμένων, αλλά και η έρευνα για νέα υλικά, μεθόδους και τεχνικές.

Οι συντηρητές του εργαστηρίου λαμβάνουν όλα τα απαραίτητα μέτρα για τον έλεγχο του περιβάλλοντος των αντικειμένων και φροντίζουν για την ασφαλή συσκευασία, μετακίνηση, έκθεση και αποθήκευσή τους.

Επίσης οι συντηρητές του εργαστηρίου ασχολούνται με τη μελέτη και το σχεδιασμό συστημάτων ανάρτησης και στήριξης των αντικειμένων στους εκθεσιακούς χώρους, εφαρμόζοντας συχνά πρότυπες μεθόδους και υλικά, ειδικότερα για την προστασία των εκθεμάτων από ενδεχόμενους σεισμούς.

Ωστόσο, πολλά από τα αντικείμενα των συλλογών μικροτεχνίας και κεραμικής παρουσιάζουν φθορές που οφείλονται είτε σε μηχανισμούς διάβρωσης που έχουν ενεργοποιηθεί στο παρελθόν είτε σε κατασκευαστικές ατέλειες είτε σε «διορθωτικές επεμβάσεις» (συγκολλήσεις ή χρωματικές συμπληρώσεις) που έχουν γίνει πριν τα αντικείμενα περιέλθουν στις συλλογές του Μουσείου. Οι πιο συνηθισμένες φθορές που παρουσιάζουν τα αντικείμενα είναι η οξείδωση των μεταλλικών επιφανειών, η παραμόρφωση, οι ρωγμές, η αποσάθρωση και η απώλεια υλικού.

Στόχος των συντηρητών είναι να αναστείλουν όσο το δυνατόν τη φθορά των αντικειμένων και να διασφαλίσουν τη διατήρησή τους στο χρόνο, δίνοντας έμφαση στην πρόληψη, χωρίς να επιδιώκουν απαραίτητα να τα αποκαταστήσουν στην αρχική τους ολότητα. Χρησιμοποιούνται  υλικά που μπορούν να αφαιρεθούν εύκολα αν χρειαστεί (αναστρέψιμα) και μέθοδοι που δεν θέτουν σε κίνδυνο την ακεραιότητα του αντικειμένου. Ακολουθείται η αρχή της ελάχιστης δυνατής επέμβασης, ειδικότερα στις περιπτώσεις της συμπλήρωσης απωλειών ή της χρωματικής συμπλήρωσης.

	Οι συντηρητές του εργαστηρίου λαμβάνουν όλα τα απαραίτητα μέτρα για τον έλεγχο του περιβάλλοντος των αντικειμένων και φροντίζουν για την ασφαλή συσκευασία, μετακίνηση, έκθεση και αποθήκευσή τους.
	Οι συντηρητές του εργαστηρίου λαμβάνουν όλα τα απαραίτητα μέτρα για τον έλεγχο του περιβάλλοντος των αντικειμένων και φροντίζουν για την ασφαλή συσκευασία, μετακίνηση, έκθεση και αποθήκευσή τους.
	Οι συντηρητές του εργαστηρίου λαμβάνουν όλα τα απαραίτητα μέτρα για τον έλεγχο του περιβάλλοντος των αντικειμένων και φροντίζουν για την ασφαλή συσκευασία, μετακίνηση, έκθεση και αποθήκευσή τους.
	Το ελεφαντοστέινο μετάλλιο με παράσταση του Χριστού, 6ος αι. (ΒΧΜ 835). Το σπασμένο μετάλλιο είχε κολληθεί παλαιότερα, εμφάνιζε πολλές ρωγμές, απώλεια συνοχής του υλικού και επικαθίσεις στην επιφάνειά του. Οι επεμβάσεις που είχε υποστεί απαιτούσαν την εκ νέου συντήρησή του. Τα κομμάτια του δεν είχαν κολληθεί στη σωστή τους θέση, ενώ υπολείμματα κόλλας παρέμεναν στην επιφάνεια του έργου.
	Το ελεφαντοστέινο μετάλλιο με παράσταση του Χριστού, 6ος αι. (ΒΧΜ 835). Το σπασμένο μετάλλιο είχε κολληθεί παλαιότερα, εμφάνιζε πολλές ρωγμές, απώλεια συνοχής του υλικού και επικαθίσεις στην επιφάνειά του. Οι επεμβάσεις που είχε υποστεί απαιτούσαν την εκ νέου συντήρησή του. Τα κομμάτια του δεν είχαν κολληθεί στη σωστή τους θέση, ενώ υπολείμματα κόλλας παρέμεναν στην επιφάνεια του έργου.
	Το ελεφαντοστέινο μετάλλιο με παράσταση του Χριστού, 6ος αι. (ΒΧΜ 835). Μετά την εξέταση και τη λεπτομερή σχεδιαστική αποτύπωσή του, έγινε αποκόλληση των παλαιών συγκολλημένων τμημάτων, εντοπίστηκε η σωστή τους θέση και, μετά τον ήπιο χημικό και μηχανικό καθαρισμό, αποκαταστάθηκαν οι φθορές με λεπτούς χειρισμούς στο στερεομικροσκόπιο. Τέλος, το μετάλλιο ενισχύθηκε στην πίσω όψη του με υαλοΰφασμα.
	Το ελεφαντοστέινο μετάλλιο με παράσταση του Χριστού, 6ος αι. (ΒΧΜ 835). Μετά την εξέταση και τη λεπτομερή σχεδιαστική αποτύπωσή του, έγινε αποκόλληση των παλαιών συγκολλημένων τμημάτων, εντοπίστηκε η σωστή τους θέση και, μετά τον ήπιο χημικό και μηχανικό καθαρισμό, αποκαταστάθηκαν οι φθορές με λεπτούς χειρισμούς στο στερεομικροσκόπιο. Τέλος, το μετάλλιο ενισχύθηκε στην πίσω όψη του με υαλοΰφασμα.